中国药科大学现有药学、中药学、生物学3个一级学科博士点，药学、中药学、生物学、化学、生物医学工程、基础医学、公共管理7个一级学科硕士点，药学硕士、中药学硕士、工程硕士（制药工程领域）、应用统计硕士、公共管理硕士5个硕士专业学位授权点，其中包括23个二级学科博士点，33个二级学科硕士点。设有药学、中药学2个博士后科研流动站，是全国药学专业学位研究生教育指导委员会秘书处所在单位。（数据截至2019年12月31日）

2020年，中国药科大学药理学与毒理学、化学、生物与生物化学、临床医学、材料科学5个学科领域的ESI排名进入全球前1%，其中药理学与毒理学学科排名跨入全球前1‰（万分之五），位列全球第34位、国内高校第1位。

基础医学与临床药学学院目前在药理学、临床药学、药物代谢动力学3个专业培养博士研究生，在药理学、临床药学、药物代谢动力学、基础医学、专业学位药学（临床药学方向）、专业学位生物与工程（成药性评价技术与工程）6个专业培养硕士研究生。学院现有1个本科专业（临床药学）（5年制）。

为不断优化学科布局，从药医融合、适应国际高等药学教育和创新药物研究的发展趋势，培养新的药学复合型人才出发，学院成立后，于2016年申请并获批增列基础医学一级学科硕士学位授权点。充分利用临床医学资源，形成了“医药携手，医中有药，药中有医”的学科发展特色和理念。基础医学教师队伍规模不断扩大，队伍结构日趋合理，人才质量稳步提升。学科人才培养体系不断完善，目前拥有人体生理与病理生理学、病理学、医学信息学、药理学和神经生物学五个主干学科方向学院成立后，2016年完成了基础医学一级学科硕士学位点增列工作，从2017年开始招收硕士研究生。