中国药科大学基础医学与临床药学学院成立于2015年，是以基础医学研究为支撑、临床精准治疗为目标、临床药学人才培养为核心、成果转化为特色的教学科研型学院。下设有生理学系、基础医学系、临床药学系、转化医学研究中心、疫苗中心。

学院现有教职工84人，其中专任教师73人；学生1414人，其中本科生508人，硕士780人，博士126人，研究生人数占比超过本科生。

学院坚持人才强院战略，师资队伍合理。教职工获院士、国家高层次人才特殊支持计划等高层次人才项目36项；专任教师中正高职称22人，副高职称30人，高级职称占比超过70%。

学院现有博导28人，硕导55人，拥有基础医学一级学科硕士点，药理学、临床药学、药物代谢动力学 3个博士招生学科；基础医学等4个学术学位，药学（临床药学方向、新药临床前评价）、生物与医药（成药性评价技术与工程）等专业学位硕士招生专业或方向。

学院现有五年制临床药学本科专业为全国首家获批招生，全国首家通过专业认证，国家一流专业建设点、江苏省特色专业。2021年新增与英国曼彻斯特大学合办的临床药学（中外合作办学）项目，学制5年，采用“2+2+1”特色培养模式。2023年新增临床药学（本硕贯通卓越药师实验班），该专业符合保研资格的学生100%推荐免试攻读硕士研究生，七年可获药学（临床药学）专业硕士学位。

学院聚焦重大疾病发病机制，促进多学科交叉融合与协同创新，拥有多个省部级科研平台和中国药科大学南京市第一医院、南京鼓楼医院两家临床医院和几十家实践基地。近年来获得国家科技进步奖二等奖1项，江苏省科技进步二等奖1项，国家教学成果奖一等奖1项，江苏省教学成果奖特等奖1项、一等奖1项。