基础医学与临床药学学院成立于2015年,下设有生理学系、基础医学系、临床药学系、转化医学研究中心,是以基础医学研究为支撑、临床精准治疗为目标、临床药学人才培养为核心、成果转化为特色的教学科研型学院。学院现有教职工87人,其中专任教师52人,专任教师中正高职称18、副高职称23。现有院士1人,教育部“长江学者奖励计划”青年学者1人,国家“优秀青年”基金获得者1人,享受国务院政府特殊津贴1人。

学院有基础医学一级学科硕士点,拥有3个博士招生学科 5个硕士招生学科。学院有临床药学1个本科专业,为国家一流专业,全国首家获批招生的五年制临床药学专业,江苏省特色专业,江苏省十二五重点类专业,全国首家通过专业认证。

学院拥有药学动物实验中心细胞与分子生物学实验平台、病理与PDX药效评价平台三个校级科研服务平台和江苏省肿瘤发生与干预重点实验室等多个省部级科研平台承担有国家重大科技专项、国家自然科学基金重点项目、重大研究计划和面上项目、江苏省自然科学基金、企业合作项目等各级各类课题。学院拥有中国药科大学南京市第一医院、南京鼓楼医院两家临床医院和十几家实践基地。近年来获得国家科技进步奖二等奖1项,江苏省科技进步二等奖1项,国家教学成果奖一等奖1项,江苏省教学成果奖特等奖1项、一等奖1项。